Pada 23 Februari 1605, gubernur jajahan Portugis di Maluku Tengah menyerahkan benteng Ambon yang bernama “Nosa Senhora da Anunciada” kepada komandan armada Verenighde Oost-Indische Compagnie (VOC, Serikat Dagang Hindia Timur), Steven van der Haghen. Benteng itu mendapatkan nama baru Kasteel Victoria (Benteng Kemenangan). Empat hari kemudian sang laksmana turun dari kapalnya dan menghadiri ibadah yang dipimpin oleh pendegta yang melayani awak kapal dan serdadu di angkatan lautnya. Upacara itu dapat dipandang sebagai titik awal agama Kristen Protestan di Indonesia, bahkan di seluruh Asia. Dengan demikian, Protestantisme masuk ke benua Asia bahkan sebelum datang ke Amerika Utara.
Pada tahun 1608, orang-orang Belanda mendirikan benteng di Ternate dan Banda Neira. Sepuluh tahun kemudian mereka mendirikan Kota Batavia (kini Jakarta) yang menjadi ibukota VOC di Nusantara dan bahkan Asia. Bersama dengan kota Kupang, di Pulau Timor, keempat tempat tersebut menjadi pusat umat Kristen di wilayah yang kini merupakan negara Indonesia. Di tempat-tempat tersebut berdirilah jemaat-jemaat Protestan paling awal di Nusantara.
Gubernur Jenderal mengekang gereja
Demi tujuan keuntungan niaga, VOC mengontrol ketat bukan hanya usaha dagang, melainkan juga bidang politik, militer dan bahkan bidang keagamaan.
VOC merasa tugas menyebarluaskan agama Kristen tidak penting. Dewan tertinggi VOC di Amsterdam hanya memikirkan bagaimana semestinya mengurus pelayanan rohani orang-orang mereka di atas kapal dan di tempat-tempat yang jauh dari negerinya.
Di daerah yang dikuasai oleh VOC hanya ada satu gereja yang diakui dan diterima oleh VOC sebagai wakil pemerintah Belanda, yaitu Gereformeerde Kerk (Gereja Reformasi). Ini berarti bahwa semua orang Katolik di wilayah Hindia Belanda dianggap sebagai anggota Gereja Reformasi yang bersifat Calvinis. Kampung-kampung Katolik di Maluku dan Sulawesi Utara serentak berubah dari Katolik menjadi kampung Protestan. Pemerintah VOC menetapkan denda bagi orang Kristen yang tidak ikut ibadah Minggu.
VOC menguasai gereja hampir secara total. Pendeta dan guru adalah pegawai pemerintah, mereka digaji oleh pemerintah VOC. Para pendeta tidak boleh mengadakan perjalanan ke pulau atau wilayah di luar pelayanannya tanpa seizin VOC. Untuk sarana peribadahan dan pembelajaran, umat memerlukan buku katekismus, liturgi, Alkitab, kumpulan doa, nyanyian dan Mazmur, yang biasa diadakan dalam Gereja Protestan pada masa itu.
Batavia pusat perdagangan budak
Sebagai pusat pemerintahan VOC, Batavia merupakan pasar perdagangan budak-belian. Budak didatangkan untuk bekerja di instalasi-instalasi VOC seperti di berbagai gudang, di pelabuhan, di galangan kapal VOC yang terletak di Pulau Onrust dan ambachtwartier, yaitu di bengkel para tukang.
Lebih banyak lagi budak-budak yang bekerja di rumah pribadi orang-orang Belanda, Tionghoa, Arab serta Melayu dan ada pula budak-budak yang bekerja di perkebunan milik orang-orang Belanda di luar wilayah Batavia.
Budak-budak belian di Batavia didatangkan dari berbagai daerah di India seperti Benggala, Koromandel, serta Malabar. Sebagian dari mereka dirampok dalam perang, sebagian lain terpaksa menjual diri karena miskin dan lapar. Budak lain lagi didatangkan oleh pedagang budak Belanda dan Melayu dari pasar budak di Makassar dan Bali, tempat bermacam-macam orang dari pulau-pulau di Indonesia Timur diperjualbelikan.
Budak-budak ini adalah orang-orang sederhana, yang tanpa kesalahan apapun ditangkap, disiksa, dipenjarakan dan diperlakukan sewenang-wenang. Mereka hampir tidak mempunyai hak apapun. Di Batavia paling banyak dijumpai orang dari Bali, Makassar hingga Kalimantan. Wanita asli Bali paling diminati, karena selain pandai mengurus rumah tangga, sifat mereka lebih halus.
Budak-budak yang berasal dari India dan sekitarnya banyak yang beragama Katolik. Asal mereka bersedia masuk Gereja Reformasi, mereka dibebaskan. Oleh karena itu mereka disebut sebagai orang atau kaum Mardijker, artinya orang yang dimerdekakan. Karena India lama dikuasai Portugis mereka memakai bahasa Portugis sebagai bahasa percakapan harian.
Nasib para budak seringkali tidak menentu. Para wargakota seringkali memperlakukan mereka dengan tidak wajar, mirip-mirip dengan banyak kasus TKI di negara-negara Arab pada masa sekarang. Orang Belanda seringkali berlaku kasar kepada budak-budak mereka dan orang-orang Tionghoa hanya mencari untung saja. Karena warga kota Batavia merasa takut akan banyaknya budak, khususnya budak laki-laki dari Bali dan Makassar, maka kelalaian kecil pun diganjar dengan hukuman yang sangat berat. Bila seorang budak sudah merasa putus asa akan hidupnya dan melawan tuannya, bakan sampai membunuh tuannya di kala tidur atau meracuni makanan tuannya, maka ia akan disiksa dan dihukum mati.
Banyak budak melarikan diri dan membentuk kelompok perampok yang melakukan kejahatan-kejahatan di berbagai desa dan wilayah pinggiran di Batavia dan Bogor. Sayangnya, nasib budak-budak yang melarikan diri tersebut seringkali apes, karena orang-orang pribumi pun turut menangkap budak yang kabur, karena tergiur akan hadiah yang akan diperoleh.
Sejak tahun 1650-an katekese untuk anak-anak serta orang dewasa semakin ditingkatkan. Para budak yang berjumlah banyak di Batavia mulai menjadi sasaran penginjilan. Baik budak yang dimiliki warga perseorangan, maupun budak Kompeni (VOC) semuanya diberi katekese oleh guru-guru agama yang sanggup mengajar dalam bahasa ibu mereka. Setelah mengerti dasar-dasar agama Kristen dan menghafalkan doa-doa utama, Pengakuan Iman Rasuli, serta Sepuluh Perintah Allah, maka mereka diuji dan kemudian dibaptis oleh seorang pendeta. Biasanya para guru-guru agama itu seorang Melayu atau India, yang digaji oleh VOC.
Beberapa guru berkeliling mengunjungi rumah warga dan perusahaan-perusahaan milik orang Belanda di mana terdapat budak untuk mengajarkan kepada mereka Agama Kristen. Katekese dilakukan di rumah-rumah tertentu, di gereja terdekat atau di tempat-tempat umum. Dua kali seminggu para guru memberi pelajaran kepada murid-murid mereka.
Setelah katekese ditingkatkan kepada kaum budak-belian, jumlah umat Kristen di Batavia berkembang pesat. Antara 1648 hingga 1674 anggota jemaat berkembang dari 500 menjadi 2.300 warga, termasuk di dalamnya umat yang berbahasa Portugis (kaum Mardijker). Jumlah pembaptisan antara 1688 hingga 1708 jumlah umat yang dibaptis sebanyak 9.578 orang.
Menjadi Kristen untuk memperbaiki nasib
Banyak budak berminat untuk belajar katekisasi (pengajaran bagi calon baptis), antara lain untuk memperbaiki nasib mereka. Pemerintah membuat aturan, setelah mereka memeluk agama Kristen, mereka tidak boleh dijual lagi kepada orang yang bukan Kristen, dan bahkan setelah tahun 1770 budak yang sudah memeluk agama Kristen, sama sekali tidak boleh dijual lagi. Selain itu pada hari Minggu para budak wajib diberi libur untuk mengikuti ibadat di gereja. Jika tuan mereka meninggal mereka boleh bebas menjadi orang merdeka.
Maka, sejak itu tuan-tuan mereka tidak suka lagi budak-budak mereka dibaptis. Mereka merasa rugi. Karena itu, di pertengahan abad ke-18 umat Kristen berbahasa Portugis dan Melayu pertambahannya tidak begitu cepat lagi. Jumlah budak terus berkembang sampai masa Inggris (1811-1816), waktu Raffles berkuasa di Jawa. Raffles berusaha membatasi perdagangan manusia, dan memperbaiki nasib orang-orang malang tersebut.
